内視鏡医療センターは、内視鏡検査・治療を必要とする患者を独立した部門として集中的に受け入れ、内視鏡機器を効率的に運用し患者サービス向上へ貢献することを目的としており、高度で安全な内視鏡手技を確立するとともに大学病院における研究・教育に資する内視鏡検査・治療についても十分な体制・時間を整備しています。

消化管の領域では早期食道癌、胃癌、大腸癌に対する内視鏡的治療、特に内視鏡的粘膜剥離術(ESD)などを積極的に施行、早期癌の診断には特殊光内視鏡観察(NBI、FICE)などの最先端機器による精度の高い診断を行なっています。小腸ダブルバルーン内視鏡、カプセル内視鏡による小腸疾患の診断および経鼻内視鏡による患者に負担の少ない内視鏡検査にも取り組んでいます。2015年10月に保険適用となった放射線化学療法後の再発食道癌に対する光線力学療法(Photodynamic therapy: PDT)も行っております。

肝臓の領域では肝硬変に合併する食道胃静脈瘤に対する内視鏡的硬化療法（EIS）、内視鏡的結紮術（EVL）を積極的に行っております。

胆膵領域ではERCP関連として最先端の極細径胆道・膵管鏡を用いた高精度の診断・治療を行っており、EUS関連においては穿刺吸引法（EUS-FNA）による病理学的診断やEUS下胆道ドレナージ術（EUS-BD、EUS-HGS）を積極的に行っております。さらにIgG4関連疾患、膵石症、術後再建腸管における内視鏡的診断・治療が評価され、近年認可されたLAMS(Lumen apposing metal stent)治療も行っており、多数の施設から紹介を受け入れています。

呼吸器領域では、早期肺癌を発見する蛍光気管支鏡、末梢病変に対するガイドシース併用ラジアル型気管支腔内超音波断層法（EBUS-GS）、リンパ節の病理診断に有用な超音波気管支鏡下針吸引生検法（EBUS-TBNA）、間質性肺炎や肺がんの診断のためのクライオバイオプシー（凍結生検）、胸水・胸膜疾患の原因検索に有用な局所麻酔下胸腔鏡などを行っています。また、気管支喘息の難治例には気管支サーモプラスティを積極的に実施しています。