東部医療センターは、日本脳卒中学会一次脳卒中センターコア施設として超急性期から急性期の脳卒中の患者さんを受け入れて診療しています。脳神経内科医あるいは脳神経外科医が毎日当直しており、頭部CTや頭部MRI・MRAが毎日24時間緊急で撮像可能な体制を整えています。　
脳卒中のうち、脳神経内科では主に脳梗塞を、脳神経外科では脳出血およびくも膜下出血を担当して、迅速な脳卒中の初期診断や脳梗塞の病型診断を行い、病型に応じた治療を行なっています。このうち発症4.5時間以内の脳梗塞症例では、適応を厳格に判定してt-PA 静注療法を行っています。また、カテーテルを用いた血栓回収術や頚部内頚動脈狭窄症における頚動脈ステント留置術（CAS）に取り組んでいます。急性期脳卒中の治療には、薬物療法、カテーテルを用いた治療、急性期リハビリテーション等を組み合わせて後遺症の軽減に努めています。
嚥下障害、麻痺、失語症などの後遺症に対して引き続きリハビリテーションが必要な場合には、リハビリテーション科・摂食嚥下センターと連携して急性期からリハビリテーションを開始し、継続してリハビリテーションが必要な場合は回復期リハビリテーション病院などの専門病院をご紹介させていただいています。そのために名古屋脳卒中地域連携会・名古屋北部脳卒中連携会に参加し、地域のリハビリテーション専門病院との連携を密にしております。
また、若年性脳梗塞の原因検索でのご紹介も増えており、発作性心房細動などの不整脈、椎骨動脈解離などの脳動脈解離や卵円孔開存症による奇異性脳塞栓症などについて診断し、治療や再発予防を行なっています。心原性脳塞栓症の非薬物的な再発予防法であるカテーテル治療による経皮的左心耳閉鎖術についても適応を検討しています。脳梗塞の原因となる不整脈のうち、発作性心房細動は、当院循環器内科でアブレーション治療を施行して頂いています。また、脳梗塞との関連が考えられる卵円孔開存症の閉鎖術や心臓内の血栓を予防する経皮的左心耳閉鎖術については名古屋市立大学病院や名古屋ハートセンターの循環器内科と連携して実施して頂いています。